Según los tweets de un miembro de la desarrolladora de videojuegos age, el director de Muv-Luv Alternative: Total Eclipse ha pasado de ser Inagaki Takayuki a ser Ando Masaomi (director de episodios de Fairy Tail). Inagaki no era solo el director de la serie, ya que también es responsable de los guiones y de los storyboards de la misma. Esto supuso una notable carga de trabajo sobre el director que, llegado un punto, se vio saturado por la gran cantidad de tareas pendientes, con lo que la dirección ha pasado a manos de Ando.
La mala calidad del tercer episodio del anime es una buena muestra de la incapacidad del estudio por llevar todo adelante en las condiciones en las que estaban, y, aunque Ando aparece ya en los créditos de dicho episodio, sus funciones como director no empiezan hasta el episodio 10. Inagaki ahora está concentrado solo en crear los guiones y los storyboards.
