Yoshiki Togawa es el autor de la adaptación a manga de Phi Brain, anime dirigido por Junichi Sato (Aria, Kaleido Star, Tamayura) e historia original escrita por Hajime Yatate, quien presenta a Kaito, un estudiante de primer año del instituto Root Academy. Kaito es un enamorado de los puzles y poseedor de una gran agileza mental que le lleva ser seleccionado como candidato a Phi Brain. Un día y junto a su amiga de la infancia Nonoha son retados por el presidente del consejo estudiantil a resolver un rompecabezas escondido en unas ruinas subterráneas cerca de la escuela. Lo que no saben Kaito y Nonoha es que el rompecabezas resulta ser el peligroso Rompecabezas del Sabio, un enigmático puzle creado por la misteriosa sociedad POG. Lo que no esperan los dos jóvenes es que el dar con la solución del misterioso y peligroso Rompecabezas del Sabio les llevará a luchar en diversas batallas contra la oculta sociedad POG.
La serie de animación de Phi Brain cuenta con un total de 25 episodios producidos por Sunrise (Code Geass, Gintama, Tiger & Bunny), con Mayori Sekijima (Pandora Hearts, Skip Beat!) en la supervisión del guión y diseños de personajes a cargo de Youhei Sasaki.